Pur essendo la fondazione di origine molto antica, l’attuale assetto architettonico risale alle ristrutturazioni del 1793; e in particolare all’ampliamento del 1849, durante il quale sono purtroppo andati perduti preziosi dipinti di scuola bolognese seicentesca.
C’è da notare che inspiegabilmente sei grandi affreschi raffiguranti vasi con fiori, sono esattamente uguali agli affreschi della magnifica Collegiata di Pieve di Cento che è una ricostruzione del 1702-1710 su progetto dei fratelli Campiotti di Modena di una chiesa preesistente.
Naturalmente la Collegiata di Pieve di Cento è molto più grande della nostra chiesa, ma gli affreschi potrebbero essere stati copiati o riprodotti dalle stesse maestranze che avevano lavorato a Pieve di Cento nel 1700.
Secondo la leggenda, Sant’Ambrogio, nel tempo in cui era a Bologna, avrebbe fatto una sosta presso l’oratorio di Sant’Anna, e da qui deriverebbe l’intitolazione a lui della chiesa parrocchiale di Villanova.
